En esta etapa se realizó el pre-procesamiento de cada una de las imágenes para que puedan ser finalmente unidas y formar un mosaico nacional, con la menor cantidad de nubes y así poder extraer la mayor cantidad de información espacial posible.
Corrección atmosférica de cada imagen, construcción de una máscara de nubes y sombras con el programa LEDAPS y homologación al sistema UTM zona 17 Sur.
En el caso de las imágenes LANDSAT, los pasos de pre-procesamiento, se pudieron omitir, debido a que se realizó un acuerdo institucional con por la Universidad de Maryland que proporcionó un mosaico completo del Ecuador continental para el año 2008 que posee 4 bandas.